Документально обитель известна с 1623 года (достоверных сведений о существовании монастыря до XVII века нет). С середины XVII века началось каменное строительство. Расцвет монастыря наступил в конце XVII века, когда патриарх Адриан сделал монастырь своей летней резиденцией. В 1696—1700 годах построен Никольский собор (с нижней церковью Сергия Радонежского), соединённый галереей-папертью с ярусной Успенской церковью-колокольней (расположена к северо-востоку от собора). Ярус звона Успенской церкви украшен цветными изразцами с изображением херувимов.

В 1750-1760-х годах в Успенской церкви выполнены барочные росписи и золочёная лепнина (есть предположение, что лепнина выполнена Бартоломео Растрелли). В 1733—1735 над Водяными воротами монастырской ограды выстроена Церковь Толгской Богоматери в стиле барокко.

В 1775 году в монастыре была открыта Перервинская семинария. Екатерина II останавливалась здесь по дороге в Крым. В XVIII—XIX веках к монастырю приписаны часовни в Москве — в Сухаревой башне, у Калужских и Серпуховских ворот Земляного города, Иверская у Воскресенских ворот Китай-города.

В 1834—1836 годах были построены (или перестроены из старых) жилые и хозяйственные корпуса (архитектор М. И. Бове). В 1904—1908 построен монументальный Собор Иверской Богоматери в византийском стиле (архитектор П. А. Виноградов).

Монастырь закрыт в 1920-х годах. В 1991 году возобновлены богослужения в Никольском соборе. Сейчас монастырь действует.