Остров образован искусственно путём отделения части острова Усадица путём соединения реки Невы с рекой Мойка постройкой Ново-Адмиралтейского канала в 1720 году.

Начиная с XVIII века на острове размещался Галерный двор с верфью, провиантскими магазинами и складами. В 1800 году на остров переводится Главная Адмиралтейская верфь. Верфь получает название Новое Адмиралтейство, а остров, соответственно, получает название Ново-Адмиралтейский. Это название остров получил в XIX веке.

В 1716—1717 годах на Ново-Адмиралтейском острове были прорыты два канала, которые впоследствии были засыпаны — один в начале XIX века, второй в начале XX века.

На острове находился храм «Спас-на-водах», который был впоследствии снесён. На его месте в 1998—2002 годах была построена каменная Никольская часовня.

Территория острова в настоящее время занята предприятием «Адмиралтейские верфи» и доступ на остров ограничен. В настоящее время «Адмиралтейские верфи» готовится к реформированию производственных мощностей, в связи со строительством нового производственного комплекса. В результате этого территория Ново-Адмиралтейского острова освободится.